نام عبری وی "یوحنا" است اما او نیز همانند بسیاری از یهودیان آن عصر، دارای یک لقب لاتین بوده است که البته بعدها به همین لقب شهرت یافته است. معنی این لقب (مرقس)، "چکش بزرگ" است.
در کتاب اعمال رسولان، نام مرقس در چهار مورد ذکر شده است. اولین بار در 12: 12 است که طبق نقل لوقا، مسیحیان در منزل مریم، مادر مرقس جمع شده بودند. مورد دوم در 12: 25 است که پولس و برنابا، مرقس را همراه خود به اورشلیم میبرند. مورد سوم در 13: 13 است که داستان سفر تبشیری برنابا و شائول نقل شده و طبق نقل کتاب اعمال رسولان، یوحنا (مرقس) آن دو را در فریجیه ترک میکند. به دنبال این مسأله، در 15: 37 – 38 آمده است که پولس و برنابا در مورد مرقس با یکدیگر اختلاف پیدا میکنند. پولس از اینکه مرقس دوباره و در سفر بعدی آنها را همراهی کند امتناع میورزد اما برنابا میخواهد که حتما مرقس را همراه خویش ببرد. نزاعی سخت میان آنان در میگیرد و نتیجه برنابا، مرقس را همراه خود برداشته، از پولس جدا میشود.
نام مرقس در رسالات پولس نیز سه بار ذکر شده است. در رساله به کولسیان 4: 10، پولس خطاب به مردم کولسی مینویسد که هرگاه مرقس، پسرعموی برنابا نزد شما آمد او را بپذیرید. بار دوم در "رسالهی دوم پولس به تیموتاؤس" 4: 11 است که پولس خطاب به تیموتاؤس مینویسد مرقس را همراه خویش بیاور که در انجام خدمت، برای من مفید است. سدیگر در فلیمون 23 است که پولس، سلام چند تن از همکاران خویش و از جمله، مرقس را به وی (فلیمون) ابلاغ میکند.
همچنین در سنتهای متأخرتر، مرقس را یکی از هفتاد شاگردی دانستهاند که مطابق لوقا 10: 1 توسط مسیح اعزام گردید
مطابق متون کلیسایی، مرقس دو بار به مصر رفته است. اولین بار در حدود سال 37 میلادی است که پطرس رسول او را به این منطقه فرستاد. او در حدود سال 40 میلادی وارد اسکندریه شده و تا سال 44 میلادی در آنجا اقامت داشته است.
سپس همراه پطرس به روم میرود. پس از چندی و در حدود سال 49 میلادی به مصر بازمیگردد و در آنجا مشغول تبشیر میگردد و تا پایان عمرش در همان منطقه باقی میماند
از نگاه مسیحیان، مسلم است که مرقس از ابتدای شروع کلیسا در آن بوده و مخصوصا بین سالهای 30 تا 65 میلادی که کلیسا از اورشلیم تا به رم توسعه یافته است، در آن فعالیت میکرده است. ائوسبیوس نقل میکند که مرقس، پایهگذار کلیساهای اسکندریه بوده است.[9]
اما آنچه بیش از همه، مرقس را به شخصیتی مهم مبدل ساخته، این نقل کلیسایی است که انجیل دوم را همین یوحنای مرقس به قلم تحریر در آورده است.