با مطالعه کتابهای عهد جدید به این نتیجه میرسیم که اختلافاتی بین پولس و حواریون عیسی وجود داشته. در نگاه اول به نظر میرسد این اختلافات جزئی و زود گذر بوده. ولی با مطالعه دقیق تر میتوان پی برد که این اختلافات نه جزئی بلکه عمیق و عقیدتی بوده. کوچک نشان دادن این اختلافات میتواند به چند صورت باشد.
اول: اینکه طرفداران پولس (که امروزه شامل تمام کلیساهای کاتولیک، پروتستان، و ارتدکس میشود) و خود پولس،سعی در پنهان کردن یا کوچک کردن آن اختلافات داشتند تا دیده گاهی را به وجود آورند بر اینکه گویا حواریون ،افکار و باور های پولسی را تایید و آنان را می پسندیدند.
دوم: از میان 21 نامه موجود در عهد جدید 13 رساله آن به پولس تعلق دارد و حال آنکه مثلاً پطرس که اولین حواری و پیشوای اولیه آنها بوده تنها دو رساله به او تعلق دارد.
سوم: تعدادی از کتابهای عهد جدید ،تحت نظر پولس و بوسیله ی شاگردان وی نوشته شده است-از آن جمله کتاب "اعمال رسولان"است که نویسنده آن "لوقا"میباشد که نه حواری بود و نه از مسیحیان کلیسای اورشلیم تحت رهبری یعقوب،یا مسیحیان میانه رو تحت نظر پطرس،بلکه یک مسیحی پیرو پولس بشمار می آمد. بنابر این طبیعی است که نویسنده به جزئیات ریشه ای آن نپردازد. در ادامه با این دیدگاه به شرح اختلافات پولس با بعضی از حواریون میپردازیم.
در انجیلی که به برنابا منتسب است و در مسیحیت رسمی امروزی (دوره مسیحیت بعد از کنستانتین) فاقد ارزش است، گفته شدهاست:
عدهای بشارت دادند به اینکه یسوع (عیسی) همان پسر خداست و در شمارهٔ ایشان پولس هم فریب خورد.
نویسندهٔ کتاب «انجیل برنابا» (که به باور اکثر محققان، اثری است از قرن ۱۴ یا ۱۵ میلادی و نویسندهٔ آن شخصی غیر از برنابا، و به باور برخی از محققان یک شخص مسلمان بوده[۴۶]) برخی حواریون و رسولان مسیح، از جمله پطرس را در چندین نوبت سرزنش کرده[۴۷] و به ویژه پولس را عامل تحریفِ تعالیم عیسی معرفی میکند و در کتابش به مخالفت با آرای او پرداختهاست؛[۴۸] به این کتاب (انجیل برنابا) از سوی محققان به دیدهٔ تردید نگاه شده، زیرا در نامه ای بسیار کُهن (نگاشته شده در قرن دوم میلادی)، که آن را نیز به برنابا منسوب میکنند (رسالهٔ برنابا و البته آن هم نویسنده ای غیر از برنابا داشته)، در دفاع از الوهیت مسیح، مصلوب شدن و رستاخیز مسیح نوشته و شباهتی بین "رسالهٔ برنابا و انجیل برنابا وجود ندارد. ولی به غیر از انجیل برنابا در سایر کتب عهد جدید شواهدی وجود دارد که نشان دهنده اختلافات شدید این دو میباشد.
در کتاب اعمال رسولان،که نویسنده اش لوقا است،بیان شده که برنابا و پولس هر دو سفرهای تبلیغی داشتتند که بالآخره با هم مخالفت نموده و از هم جدا شدند. و به قول ویلدورانت [۴۹] ] . تاریخ با کاستن نابجای سهم برنابا آن را نخستین سفر تبلیغی پولس مینامد.