در منابع شیعه و اهل سنت آمده است که پیامبر(ص) نام «حسین» را بر او نهاد.[۴۸] بر اساس روایات، این نامگذاری به فرمان خداوند انجام شد.[۴۹] دو نام حسن و حسین که قبل از اسلام نزد مردم عرب سابقهای نداشت،[۵۰] معادل شَبَّر و شَبیر (یا شَبّیر)،[۵۱] نام پسران هارون است.[۵۲]
گزارشهای دیگری نیز درباره نامگذاری امام حسین ذکر شده است؛ از جمله اینکه ابتدا امام علی(ع) وی را «حرب» یا «جعفر» نامید، ولی پیامبر(ص) نام حسین را برای او برگزید.[۵۳] برخی اینگونه گزارشها را ساختگی خوانده و دلایلی در رد آن برشمردهاند.[۵۴]
امام حسین(ع) فرزند امام علی(ع) و حضرت فاطمه(س) و نوه حضرت محمد(ص) است. او از خاندان بنیهاشم و از قبیله قریش است. امام حسن مجتبی(ع)، حضرت عباس(ع)، محمد بن حنفیه از برادران، و حضرت زینب(س) و ام کلثوم از خواهران او هستند.[۵۵]
کنیه حسین بن علی، «ابوعبدالله» است.[۵۶] ابوعلی، ابوالشهداء (پدر شهیدان)، ابوالاحرار (پدر آزادگان) و ابوالمجاهدین (پدر جهادکنندگان) از دیگر کنیههای او است.[۵۷]
حسین بن علی(ع) القاب فراوانی دارد که برخی از آنها با القاب برادرش امام حسن(ع) مشترک است؛ مانند سید شباب أهل الجنة (سرور جوانان اهل بهشت). برخی دیگر از القاب او عبارتند از: زکیّ، طیب، وفی، سید، مبارک، نافع، الدلیل علی ذات اللّه، رشید، و التابع لمرضاة اللّه.[۵۸] ابنطلحه شافعی لقب «زکی» را مشهورتر از دیگر القاب و لقب «سید شباب أهل الجنه» را مهمترین آنها دانسته است.[۵۹]
در بعضی از احادیث، حسین(ع) با لقب شهید یا سیدالشهداء خوانده شده است.[۶۰] ثارالله و قتیل العبرات از دیگر القابی است که در برخی زیارتنامهها برای او ذکر شده است.[۶۱]
در روایتی از پیامبر(ص) که بسیاری از منابع شیعه و اهل سنت نقل کردهاند آمده است: «حسین سِبطٌ مِن الاَسباط»؛ یعنی حسین یکی از اسباط است.[۶۲] سبط در این روایت و همچنین در برخی آیات قرآن به معنای امام و نقیبی است که از طرف خداوند برگزیده شده و از نسل پیامبران است